Bitki Mühafizə və Texniki Bitkilər Elmi Tədqiqat İnstitutunun əsas fəaliyyət istiqamətlərindən biri respublika ərazisində açıq və örtülü şəraitdə becərilən kənd təsərrüfatı, meşə, yaşıllıq, dekorativ və dərman bitkilərinin zərərverici, xəstəlik və alaq otlarının növ tərkibinin, yayılma arealının, başlıca zərərli orqanizmlərin bioekoloji xüsusiyyətlərinin və onların vurduğu zərərin öyrənilməsi əsasında ekoloji baxımdan təhlükəsiz mübarizə tədbirlərinin işlənib hazırlanmasıdır.

Foodinfo.az-ın məlumatına görə, respublika ərazisində yayılmış karantin zərərli orqanizmlərin bioekoloji xüsusiyyətlərinin öyrənilməsi və onların qısa və uzunmüddətli inkişaf proqnozunun hazırlanması da institutun fəaliyyət istiqamətinə daxildir.

Habelə, yüksək rəqabət qabiliyyətliyinə malik ixrac yönümlü, respublika üçün prioritet hesab edilən bitkilərin zərərli orqanizmlərinə qarşı inteqrir mübarizə tədbirlərinin işlənib hazırlanması., zərərli orqanizmlərdə pestisidlərə qarşı davamlılığın molekulyar-genetik əsaslarının öyrənilməsi, respublikaya daxil olan pestisidlərin və bioloji vasitələrin və preparatların istehsalı, sınağı, optimal normaların müəyyənləşdirilməsi və tətbiq reqlamentlərinin hazırlanması, espublikanın ayrı-ayrı bölgələri üzrə fitosanitar vəziyyətin qiymətləndirilməsi də institutu fəaliyyət istiqamətlərindəndir.