Lap qədim zamanlardan Yunanıstan, Roma, Misir və İranın sənətkar və ustaları boyaqotu kökünü yüksək qiymətləndirir və ondan uzun müddət davamlılığı olan rəng əldə edirdilər. Qədim zamanlarda boyaqotu yun, ipək, pambıq parçaların, sapların boyanmasında tətbiq edilən yeganə keyfiyyətli vasitə idi. Hətta müasir dövrdə də ondan boyaq məqsədilə istifadə edirlər.
AZƏRTAC tibbi mənbələrə istinadla xəbər verir ki, bu bitkinin müalicəvi xüsusiyyətləri lap qədimdən məlumdur. Məşhur loğman İbn Sina boyaqotunun köklərindən hazırlanan və bal ilə şirinləşdirilmiş içkini oturaq sinirin və iflicin müalicəsində tətbiq edib. Eyni zamanda o, bu bitkinin meyvələrindən əldə olunan şirənin dalaq və qaraciyəri təmizləyən vasitə olduğunu yazırdı.
Heyvandarlıqda ondan yem vasitəsi kimi istifadə olunur, lakin həmin otdan çox yeyən heyvanın südü qırmızı rəngə çalır.
Boyaqotunun köklərindən əldə edilən ekstrat, toz və digər halen preparatları, böyrək, fosfat və oksalat mənşəli sidik daşlarını yumşaldaraq parçalayır. Bitkinin halen preparatları spazmolitik və sidikqovucu təsir göstərir. Həmin preparatlar böyrək ləyənləri və sidik axarlarının tonusunu azaldaraq əzələlərin peristaltik yığılmalarını gücləndirir. Bununla da böyrək daşlarının sidikçıxarıcı yollarda hərəkətini təmin edir.
Elmi təbabətdə boyaqotunun kök və kökümsovlarından əldə edilən quru ekstrat spazmolitik, dieretik və litolotik kimi istifadə edilir. Homeopatiyada isə o, anemiya, amenoreya, dalaq xəstəliklərində tətbiq olunur. Tibet təbabətində boyaqotu angina, difteriya, hind təbabətində amenoreya, anuriya, türkmən təbabətində yaddaş pozğunluğunda, Koreya təbabətində isə ürəyin qapaq çatışmazlığında geniş istifadə edilir. Boyaqotu dəri xərçəngi zamanı istifadə olunmaq üçün də faydalı vasitədir.